周琦在2014-15赛季出场31次，场均出场28.7分钟，14.1分7篮板3.3盖帽。

周琦在2015-16赛季出场42次，场均出场33.8分钟，获得15.8分9.8篮板1.5助攻1.1抢断和3.2盖帽。

周琦在2016-2017年CBA总决赛第四场比赛中获得18分10个篮板，帮助新疆队以117-109击败广东队，从而以4-0的比分帮助新疆队首次获得CBA冠军。

周琦在2016-17赛季出场44次，场均出场32分钟，16分10篮板1.2助攻1抢断2.3盖帽。

周琦在2019-20赛季出场41次，场均出场33.6分钟，获得22.2分13.3篮板2助攻1.2抢断2.3盖帽，成为CBA最佳防守球员并入选第二名。

周琦在2020-21赛季入选CBA最佳阵容，并以场均11.9篮板当选本土篮板王。

在此期间，周琦先是与NBA作战，然后因为与球队的矛盾而去澳大利亚打球。

在2016年的NBA选秀大会上，周琦以第二轮共第43位被火箭选中，这也是2007年以后中国本土球员第一次也是唯一一次被NBA球队选中。

周琦于2019年被NBA休斯敦火箭裁掉回CBA，与母队新疆队签约两年。

周琦于2021年6月21日向CBA联盟申请调解与新疆男篮的合同问题。而且四天后，新疆男篮向周琦提出了600万的顶薪续约，拒绝放人。但是周琦本人拒绝与新疆男篮续约，

澳大利亚球队东南墨尔本凤凰同年九月直接加盟。

直到今天的交易发生，周琦新赛季去哪儿终于落下帷幕，尘埃落定。

高光时刻

新疆于2019年12月17日击败八一。周琦出场39分钟，23中15分，3分4中1分，罚篮8中3分，砍下34分12板6帽，盖帽数达到388次，超过张大宇，达到历史第13位。

新疆险胜吉林男篮，2020年7月8日。在29投16中，周琦抢下18个篮板，送出2个盖帽和3个助攻，在职业生涯中获得37分。

新疆于2021年4月18日不敌山东。周琦在16分10篮板5盖帽的比赛中获得16分。

根据统计，这是周琦第三次在季后赛中至少送出5个盖帽，在当地球员中排名第三，仅次于姚明和王治邈。

周琦的CBA生涯为新疆队效力了5个赛季。

181场常规赛比赛，3337分1939篮板316助攻197抢断481盖帽。

季后赛出场23次，贡献345分230篮板27助攻23抢断53盖帽。