2017年4月，意甲豪门AC米兰沙龙的所有权发生了改变，中资财团入主成为了沙龙的控股股东，随后米兰开端在转会市场上招兵买马。2017年夏天，尤文图斯和AC米兰完成了一笔重磅的球员买卖，博努奇以大约4200万欧元的转会费，从尤文图斯转会到AC米兰。这笔转会其时引起了很大的轰动，球迷们都不敢相信博努奇会挑选加盟意甲死敌。博努奇也成为了为数不多的相继效能过国际米兰、尤文图斯和AC米兰三大意甲豪门的球员。

其时有媒体报道称，博努奇和时任尤文主帅阿莱格里存在很大的矛盾，由于两人曾经在2016-2017赛季发生过争吵，这被以为是博努奇挑选归队的原因之一，可是博努奇的妻子玛蒂娜回应称，“他做出加盟米兰的决议并不是由于和阿莱格里的争吵，博努奇之所以挑选脱离，是由于在这个环境里他阅历了太多，加盟米兰他是完全自愿的，我只想对他表明支持。”

此外，时任AC米兰总监米拉贝利表明，当初可以签下博努奇完全是一个意外，由于这笔转会底子没有在米兰的计划之中，“引进博努奇不或许是米兰精心策划的买卖，由于咱们没有想到会有机会从尤文图斯带走他。假如我是尤文图斯高层，我肯定不会允许这么重要的球员脱离。可是当我和经纪人卢奇会面时，他不断跟我提起博努奇，我跟他说不要浪费时间，直到我跟博努奇直接沟通时，我才明白咱们真的有机会签下他。”

博努奇加盟米兰后，立刻就接过了队长袖标。2017年夏天，米兰花费多达2亿欧元进行引援，人们对博努奇和其时的米兰都寄予厚望，可是在2017-2018赛季前半段，博努奇的表现并没有到达预期，因此受到媒体和球迷的批评。2018年4月1日，博努奇带领AC米兰客场对阵老东家尤文图斯，博努奇在竞赛的第28分钟攻破尤文图斯的球门，协助米兰扳平比分，打破了尤文图斯接连10场意甲不失球的纪录。进球后的博努奇非常激动在尤文球迷面前滑跪庆祝，这一行为引起了尤文球迷的不满和嘘声，可是这粒进球并没有协助球队制胜，终究米兰仍然在客场1-3不断尤文图斯。

博努奇在尤文图斯主场滑跪庆祝，赛后引起很大的争议，此举被以为是博努奇在宣泄自己的心情，有意在老东家面前“示威”，我国球迷因此给博努奇起了一个外号：“华贵人（滑跪人）”。然而，这次滑跪并没有让博努奇和老东家的联系彻底分裂，没过多久，博努奇就决议回归尤文图斯，而“华贵人（滑跪人）”这个外号更显得有讽刺的意味。2018年夏天，尤文和米兰完成了一笔球员交流买卖，博努奇回归加盟尤文图斯，作为交流，米兰签下了卡尔达拉。尤文图斯官方表明，博努奇在这笔买卖中作价3500万欧元。

博努奇固执要脱离尤文图斯，可是只是效能米兰一个赛季，又挑选回归老东家，这一系列决议都令人感到隐晦，并且博努奇其时在尤文球迷面前滑跪庆祝，没过多久却又硬着头皮回来，虽然许多尤文球迷对博努奇的回归表明欢迎，可是也有部分球迷对他宣布嘘声和嘲讽。博努奇后来接受采访时表明，当初加盟AC米兰是脑子不清醒，为了回归尤文图斯，拒绝了中超球队的约请，“其时马特奥患病，那一年我很繁忙，感觉所有事情都跟我对着干。回想起那时的决议，其时我的脑子并不是很清醒。可以回归尤文我很快乐，虽然有一些球迷责备我。我还收到了我国的报价，可是我拒绝了。”

2019年4月3日，尤文图斯客场对阵卡利亚里，这是博努奇在尤文图斯的第250场竞赛，博努奇打进一球，协助球队2-0制胜，这原本是博努奇生计值得纪念的一场竞赛，可是他却卷入了种族轻视的风云。其时效能于尤文的锋线小将莫伊塞-基恩在竞赛中打进了第二粒进球，随后莫伊塞-基恩打开双臂庆祝，此举被卡利亚里球迷以为是向他们寻衅，有部分主场球迷对莫伊塞-基恩做出种族轻视的言行。此役担任队长的博努奇赛后却向媒体表明：“莫伊塞-基恩不应该寻衅主场球迷，而主场球迷也不应该做出那样的回应，我以为双方各承担一半的责任。”

博努奇的言辞掀起极大的风云，斯特林和德佩都在交际媒体上表达了对博努奇的不满。意大利前锋巴洛特利和前尤文中场博格巴也都批评了博努奇的言辞。博努奇后来在交际媒体上回应称：“我的话显然被误解了，或许是由于我表达自己想法的方式太草率了。我坚决谴责全部形式的种族主义和轻视行为。”

2019年夏天，随着荷兰天才中卫德利赫特的加盟，尤文图斯中卫搭档通常是博努奇+德利赫特，在基耶利尼没有进场的情况下，博努奇戴上了尤文图斯的队长袖标。此外，博努奇还以队长的身份带领意大利国家队顺畅晋级至2020欧洲杯决赛圈。在2021年3月25日，意大利对阵北爱尔兰的竞赛中，博努奇达成了他在国家队第100次进场的里程碑。到目前为止，博努奇总共为意大利队进场过101次，打进7球。2020-2021赛季，虽然尤文图斯无缘卫冕意甲冠军，可是博努奇仍然还是球队后防线上的肯定主力。到目前为止，博努奇的职业生计已经夺得过9次意甲冠军、3次意大利杯冠军和5次意大利超级杯冠军。值得一提的是，博努奇在2021年4月1日的新冠检测成果呈阳性，大约两周后，博努奇就已经重新冠中康复。