由于意大利富豪贝卢斯科尼的出资，AC米兰开启了“买买买”的时代，一跃成为意大利甚至欧洲最强的球队。1987年夏天，AC米兰引进了范巴斯滕和古利特等巨星，随后一个赛季他们虽然联赛开局欠安，但一波19场不败、持续到赛季结束的战绩，保证红黑军团拿到了意甲冠军，在阅历了假球和降级事件等，AC米兰时隔9年再次拿到了顶级联赛冠军奖杯。这个赛季，由马尔蒂尼、巴雷西、塔索蒂以及科斯塔库塔等球员组成的后防线，堪称牢不可摧，仅丢14球，创意甲单赛季最少失球纪录。

1987-1988赛季的意甲冠军，是马尔蒂尼职业生涯第一座冠军奖杯，从那以后，他开启了张狂收割奖杯形式，由于他作为主力参与了AC米兰历史上最为张狂的一个年代，史称“米兰王朝”，那支球队横扫亚平宁足坛、征服欧洲、称霸国际。1988-1989赛季，马尔蒂尼跟从AC米兰获得了参与欧冠的时机，这也是他初次站在欧洲俱乐部最高级别赛事的舞台上，并且像他父亲相同，捧起了欧冠冠军奖杯，并且仍是马尔蒂尼职业生涯第一次征战这项赛事，就获得了如此惊人、令很多球星仰慕的成果。

那个赛季，AC米兰接连淘汰了索菲亚列夫斯基、贝尔格莱德红星和不来梅后杀进四强。半决赛首回合，AC米兰做客伯纳乌球场1-1战平皇马，回到圣西罗球场，红黑军团大开杀戒，安切洛蒂、里杰卡尔德、古利特、范巴斯滕和多纳多尼连进五球，主场5-0血洗银河战舰，总比分6-1晋级，马尔蒂尼参与了两回合180分钟的比赛，他与巴雷西组成的后防线基本上没有给皇马锋线太多的时机。1989年5月24日，诺坎普球场，AC米兰与罗马尼亚豪门布加勒斯特星争夺欧冠冠军，马尔蒂尼领衔的后防线零封对手，红黑军团凭借着古利特和范巴斯滕双双梅开二度，4-0狂胜捧起大耳朵杯，这也是AC米兰队史上第三个欧冠冠军，也是时隔20年再一次在这项赛事中笑到了最终。同年6月14日，AC米兰3-1打败桑普多利亚夺得了意大利超级杯冠军。

1989年，马尔蒂尼凭借着超卓的表现，获得了象征着欧洲U23最佳球员的布拉沃奖，他的能力得到了欧洲足坛的认可。在捧得欧冠奖杯后，马尔蒂尼和他的AC米兰并未停歇，先是在欧洲超级杯上总比分2-1打败巴塞罗那夺冠，然后在东京1-0打败哥伦比亚国民竞技夺得了丰田杯冠军。需求指出的是，AC米兰本有时机在1989-1990赛季完结三冠王伟业，但最终时间功亏一篑，联赛倒数第二轮，他们客场1-2负于维罗纳，进而丢掉了榜首的方位，由马拉多纳领衔的那不勒斯，最终时间反超夺冠，虽然之前AC米兰收官阶段一度接连9轮霸占榜首；意大利杯赛场上，AC米兰在决赛中遭受尤文图斯，首回合客场0-0战平，次回合主场0-1告负，进而丢冠。

庆幸的是，AC米兰在欧冠赛场上再次成为大赢家，他们的夺冠之路也并非一往无前，第二轮遭受皇马，虽然次回合客场0-1告负，但仍是总比分2-1晋级；半决赛，AC米兰遭受拜仁慕尼黑，首回合主场1-0赢球，次回合90分钟战罢0-1落后，双方被逼进入加时赛，在总比分1-2落后的情况下，博尔戈诺沃最终时间的破门，协助红黑军团拿到了关键客场进球，总比分2-2，再次杀进决赛。1990年5月23日，奥地利维也纳，AC米兰凭借着里杰卡尔德的仅有进球，1-0打败本菲卡，成功卫冕。这个赛季，马尔蒂尼进场47次，且全部首发进场，其间9场欧冠赛事参与8场，且打满每一分钟。

1990-1991赛季，马尔蒂尼迎来了进球最高产的一年，攻入4球，但AC米兰遭受了王朝时期的一个小低谷，虽然接连拿到欧洲超级杯冠军和丰田杯冠军，但联赛高开低走，最终排名第二，作为欧冠卫冕冠军的红黑军团，首轮第二回合客场对阵马赛的比赛，因球场照明问题在比赛进行到最终时间选择罢赛，而被断定0-3告负，不只提早出局，还被欧足联禁赛参与欧战一年。意大利杯则是在半决赛被罗马淘汰，AC米兰虽然阅历了一个相对失利的赛季，但仍是拿到了2个杯赛冠军。

没有欧战牵绊的1991-1992赛季，AC米兰在主帅卡佩罗的率先下，令亚平宁足坛窒息，联赛34轮获得22胜12平，以不败姿态轻松夺得联赛冠军，红黑军团也成为意大利足坛首支不败夺冠的球队，马尔蒂尼这个赛季联赛进场31次，打进3球。AC米兰的联赛不败被帕尔马终结：1993月3月21日，意甲第24轮，阿斯普里拉第58分钟一剑封喉，红黑军团不败纪录停在58场，这也是欧洲五大联赛最长的不败纪录。1992-1993赛季，AC米兰最终12轮仅赢1场，输掉2场比赛，平局多达9场的情况下，仍以4分的优势轻松夺冠，成功完成意甲两连冠。欧冠赛场，AC米兰豪夺10连胜，杀进决赛，惋惜的是，他们决赛中0-1输给马赛，屈居亚军。

1993-1994赛季，AC米兰东山再起，虽然联赛最终6轮仅获得4平2负，但仍是以3分优势夺得意甲冠军，完结了三连冠伟业；在欧洲超级杯和丰田杯接连落败后，红黑军团在欧冠赛场上笑到最终，其间那场决赛被后人很多次提起：1994月5月18日，希腊雅典奥林匹克球场，AC米兰与“梦之队”巴塞罗那演出巅峰对决，红黑军团在短少巴雷西和科斯塔库塔的情况下，司职左后卫的马尔蒂尼被主帅卡佩罗放在了中后卫的方位上，这一举动成为这届欧冠决赛的亮点，马尔蒂尼率领的后防线零封了由罗马里奥领衔的巴塞罗那锋线，残阵反击的AC米兰凭借着马萨罗梅开二度，萨维切维奇和德塞利各入一球，4-0暴打克鲁伊夫的梦之队，夺得双冠王。这次欧冠决赛，在巴雷西身边成长起来的马尔蒂尼，现已证明自己可以独当一面。1994年底，在国际足球先生的评选中，马尔蒂尼力压罗马里奥和巴乔等巨星中选。

1994-1995赛季，AC米兰再次杀进欧冠决赛，惋惜的是0-1不敌阿贾克斯，意甲赛场上也没能卫冕成功，丰田杯丢冠，仅在意大利超级杯和欧洲超级杯两项并不重要的杯赛，获得了冠军。1995年底，马尔蒂尼在国际足联的国际足球先生评选中输给了维阿，排在第二位。1995-1996赛季，是AC米兰王朝的尾声，马尔蒂尼协助球队轻松夺得意甲冠军。从1987-1988赛季夺得第一座冠军奖杯，到1995-1996赛季，马尔蒂尼短短9个赛季拿到了17个冠军，包括5个意甲冠军、3个欧冠冠军、4个意大利超级杯冠军、3个欧洲超级杯冠军和2个丰田杯冠军。